中山医院心外科创建于1947年，由著名专家黄家驷教授任首任主任，在国内处于开拓领先地位。1958年石美鑫教授任主任，同年成立上海市胸病研究所（上海市心血管病研究所前身），是国内最先开展心血管手术的单位之一。率先开展的心脏手术有十余种，如动脉导管切断缝合术、右径二尖瓣闭式分离术、主动脉弓切除同种异体主动脉弓移植术等。成功地研究出我国首台静立垂屏式人工心肺机，并成功地应用于法乐氏四联症纠治术、主动脉窦瘤修补术、左心室室壁瘤切除术和二尖瓣修复术等。中山医院心外科还是上海瓣膜研究中心所在地，在国内最早研究和使用人造生物瓣膜，于1977年由石美鑫教授等研究成功并应用于临床，生产的生物瓣膜包括牛心包瓣、猪主动脉瓣和硬脑膜瓣，到1993年共生产近1400枚生物瓣膜供本院和兄弟单位使用，并培养了一批生物瓣的研究人员。在国内率先开展了无支架生物瓣的应用(1999年)、儿童心脏移植（2000年）。作为国内首批硕士和博士授予学科，中山医院心外科共培养了博士10余名，硕士20余名，并为国内许多省市培养了大批胸心外科专业人才。

　　近年来，心外科在从国外学成归来的年轻学科带头人的领导下，把握国际心脏外科发展动态，科学管理，在医、教、研各个方面均取得了更大的突破，使其临床地位和手术量均居国内领先：床位使用率为国内第一；心脏移植效果为国内最佳；微创冠脉搭桥居国内前三位。而年手术量更是以30%的速度递增。

　　目前，心脏外科共有正教授二人，副教授五人，主治医师十二人。分两个病房，共有普通床位87张，特需病床2张，独立的心外科监护室共有监护病床18张，心脏移植监护床位2张，具有先进的监护仪。手术室有四个手术间，Jostra等体外循环机四台，体外灌注师五名。2002年手术量达1200余例。在学术上，心脏外科在生物瓣膜和机械瓣膜替换手术、瓣膜修复手术、心律失常的外科治疗、大血管外科治疗、心脏移植手术和冠心病外科治疗方面处于国内领先地位。

　　中山医院心外科在学术地位上为华东地区心胸外科召集人，在国内外学术刊物上发表论文300余篇，主编了《实用外科学》、《胸心外科手术图解》、《血管外科手术图解》等专著，参与编写了《辞海》、《中国医学百科全书》、《胸部外科学》、《沈克非外科学》、《黄家驷外科学》、《血管外科学》、《胸心外科手术学》等。科研项目获国家卫生部科技进步奖、上海市科技进步奖3项，上海市科委等其他奖项10余次。